Saidina Uthman mati dibunuh pada petang khamis 16 Zulhijjah tahun 35 hijrah dan dimakamkan pada hari jumaat keesokannya pada usia 80 tahun atau 82 tahun. Menjadi khalifah selama 11 tahun 11 bulan dan 14 hari. Meninggalkan 16 orang anak iaitu 9 lelaki dan 7 perempuan.

Saidina Uthman dibunuh oleh oleh golongan Khawarij dan pengikut Abdullah bin Saba’. Para sahabat pernah mencadangkan agar kaum munafik ini di bunuh, akan tetapi Uthman ra. melarang kerana mengikuti langkah Nabi yang melarang membunuh kaum munafik kerana di khuatiri musuh Islam akan menuduh orang Islam membunuh rakan mereka sendiri.

Ibn al-Musayyib menjelaskan bahawa terhadap 7000 bangsa Mesir datang mengadu kepada Uthman ra. mengenai gobenor mereka Ibn Abi Sarh yang zalim. Maka Uthman pun berkata : Pilihlah seseorang yang akan memerintah kamu. Lalu mereka memilih Muhammad ibn Abi Bakr. Uthman ra. menulis perlantikan untuknya dan merekapun kembali.

Didalam perjalanan pulang, yang mengambil masa perjalanan 3 hari dari Madinah, seorang hamba hitam bertemu mereka dengan membawa berita bahawa terdapatnya arahan dari Uthman ra. kepada Gobenor Mesir. Mereka mengeledahnya dan mendapati surat dari Uthman ra. kepada Ibn Abi Sarh mengarahkan kematian Muhammad ibn Abi Bakr dan beberapa orang sahabatnya.

Merekapun kembali ke Madinah dan mengepong Uthman ra. Mereka mendapati bahawa Unta, hamba hitam dan cop mohor adalah kepunyaannya, akan tetapi Uthman ra. bersumpah bahawa dia tidak menulis surat tersebut atau mengarahkan agar surat tersebut ditulis. Diketahui bahawa surat tersebut ditulis tangan oleh Marwan ibn al-Hakam. Uthman ra. telah dikepong selama 22 hari dimana beliau enggan menyerahkan Marwan dan enggan mengundurkan diri.

Pemberontak yang terdiri daripada perancang pemberontakan dan mereka yang diperdaya dan termakan hasutan untuk turut serta dalam pemberontakan, mereka merempuh masuk ketika para sahabat telah kembali ke rumah masing-masing setelah diperintahkan oleh Saidina Uthman. Pintu rumahnya di bakar, diugutnya untuk melepaskan jawatan, atau dibunuh!

“Aku tidak akan menanggalkan pakaian (jawatan khalifah) yang telah Allah pakaikan kepadaku! Aku akan terus berada dikedudukanku sekarang sehingga Allah memuliakan ahli sa’adah (orang yang dijanjikan kebahagiaan oleh Allah) dan menghina ahli syaqa’ (orang yang dijanjikan kecelakaan oleh Allah ). ” demikian kata Uthman sebagaimana yang diriwayatkan didalam tarikh al-Tabari ketika diugut meletakkan jawatan khalifah kaum muslimin.

Akhirnya beliau dibunuh, ditetak perutnya..mengalir darah syahid.. menitis darah di mushaf yang berada ditangannya,isterinya Na‘ilah, yang cuba mempertahankan suami tercinta, putus tangannya ditetak pemberontak laknatullah.

Kedua-dua pihak gembira dan berbahagia dengan peristiwa ini, berbahagialah Uthman menemui tuhannya sebagai syahid,berbuka puasa bersama Baginda s.a.w didalam syurga, sedang munafiq bergembira dengan kejayaan perancangan mereka menjatuhkan khalifah, nantikanlah kalian azab Allah yang membakar di akhirat kelak..

Beliau telah di bunuh pada hari terakhir Zulhijah, pada hari Jumaat, dalam keadaan beliau berpuasa, oleh beberapa orang pemberontak yang merempuh masuk kerumahnya. [al-Dhahabi, Siyar A`lam al-Nubala’ 1/2: 566-614]